08/09赛季欧洲冠军联赛分为资格赛，小组赛和淘汰赛三个阶段。资格赛共三轮，全部采取主客场两回合的比赛，直到三轮过后，获胜球队获得进入小组赛的资格。小组赛共分八个组，每组四个队，小组前两名晋级冠军联赛淘汰赛，第三名可以参加联盟杯32强的淘汰赛。除了决赛之外，都将进行两回合的主客场比赛。08/09赛季冠军联赛的决赛在罗马的奥林匹克球场进行。